HACCP体系的最大优点在于它是一种系统性强、结构严谨、理性化、有多项约束、适用性强而效益显著的以预防为主的质量保证方法。运用恰当，则可以提供更多的安全性和可靠性，并且比大量抽样检查的运行费用少得多。

HACCP具有如下优点：

1 在出现问题前就可以采取纠正措施，因而是积极主动的控制
2 通过易于监控的特性来实施控制，可操作性强、迅速。

3 只要需要就能采取及时的纠正措施，迅速进行控制。
4 与依靠化学分析微生物检验进行控制相比，费用低廉。

5 由之间参与食品加工和管理的人员控制生产操作。
6 关注关键点，使每批产品采取更多的保证措施，使工厂重视工艺改进，降低产品损耗。