HACCP是由美国太空总署(NASA)，陆军Natick实验室和美国Pillsbury公司共同发展而成，最初是为了制造百分之百安全的太空食品。六十年代初期，Pillsbury公司在为美国太空项目尽其努力提供食品期间，率先应用HACCP概念。Pillsbury公司认为他们现用的质量控制技术，并不能提供充分的安全措施来防止食品生产中的污染。确保安全的唯一方法是研发一个预防性体系，防止生产过程中危害的发生。从此，Pillsbury公司的体系作为食品安全控制最新的方法被全世界认可。但它不是零风险体系，其设计目的是为尽量减小食品安全危害。
HACCP概念的雏形是1971年由美国国家食品保护会议上首次被提出，1973年年美国药物管理局(Food
and Drug Administration) FDA首次将HACCP食品加工控制概念应用于罐头食品加工中，以防止腊肠毒菌感染。
1977年美国水产界的专家LEE首次将HACCP概念运用于水产品。
在1985年，美国国家科学院(National Academy of
Sciences，NAS)建议与食品相关之各政府机构应使用较具科学根据之HACCP方法于稽查工作上，并鉴于HACCP实施于罐头食品成功例子之经验，建议所有执法机构均应采用HACCP方法，对食品加工业应于强制执行。
1986年，美国国会要求美国海洋渔业服务处 (National
Marine Fisheries Service, NMFS)研订一套以HACCP为基础之水产品强制稽查制度。NMFS于是执行了MSSP
(Model Seafood Surveillance
Project)来订定以HACCP为基础之稽查系统。
1990年代
由于NMFS在水产品上之执行HACCP之成效显著，且在各方面渐成熟下，FDA决定将对国内及进口之水产品业者强制要求实施HACCP，于是在
1994年元月公布了强制水产品HACCP之实施草案，并且正式公布一年后才会正式实施，同时FDA也考虑将HACCP之应用更扩展到其它食品上(禽畜产品例外)。
1995年12月，FDA根据"危害分析和关键控制点（HACCP）"的基本原则提出了水产品法规，FDA所提出的水产品法规确保了鱼和鱼制品的安全加工和进口。这些法规强调水产品加工过程中的某些关键性工作，要由受过HACCP培训的人来完成，该人负责制定和修改HACCP计划，并审查各项纪录。
1996年7月25日，美国农业部（USDA）食品安全检查署（FSIS）对国内外肉、禽业颁布了《减少致病菌、危害分析和关键控制点（HACCP）系统最终法规》并于即日生效，即9CFR
part416.417
1995年1月1日起，凡进入欧盟的水产品除非在HACCP体系下生产，否则对最终产品进行全面测试。
1997年食品法典委员会颁布了《HACCP体系及其应用准则》，并被多个国家采用。
2001年1月19日，美国FDA对果蔬汁产品实行HACCP原理，即21CFR
part 120,生效日期为2002年1月22日。
2002年4月19日，中国国家质量监督检验检疫总局发布了第20号令，明确提出了《卫生注册需评审HACCP体系的产品目录》，第一次强制性要求某些食品生产企业建立和实施HACCP管理体系，将HACCP管理体系列为出口食品法规的一部分。
