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维生素B6在食物中分布较为广泛，一般不会缺乏，但在怀孕、药物治疗、受电离辐射或在高温环境下生活、工作，可产生缺乏症。其症状包括虚弱、易激惹、神经质、失眠与步履困难，有的则表现忧郁和失去责任感，甚至精神混乱。
作为辅酶的必要成分，维生素B6参与机体许多重要的代谢过程。缺乏维生素B6可导致眩晕、恶心、呕吐和肾结石，也可引起低血色素贫血、神经系统功能障碍、脂肪肝、脂溢性皮炎、抗体减少、易于感染。
婴幼儿对维生素B6的缺乏比成年人更为敏感，可能表现为急躁、肌肉抽搐和惊厥；也有体重下降，腹痛和呕吐。小儿可能会夜哭、睡眠不安。
母亲缺乏维生素B6可使胎儿发育障碍，甚至早产和死亡。孕妇缺乏维生素B6往往是由于胎儿的需要而增加消耗，特别应注意补充。
维生素B6在临床上应用很广，但近年来发现如果用量过大，也有不良反应。主要表现为神经系统症状，如感觉异常，夜间尤甚，四肢可累及，上肢尤多见；骨痛，假说闪电、针刺样，下肢多见，个别表现为胸痛；感觉过敏，烧灼样、蚁走样、痒；少数还有肌无力、肌束颤抖、面部麻木等。肌肉注射可能发生过敏性休克。
孕妇用量过大可能累及胎儿，对优生影响甚大，医学上称为“维生素B6依赖症”。婴儿会出现一些病理状态，如易兴奋、惊跳、惊厥、哭闹、烦躁不安、眼球震颤等。有此类现象的小儿到半周岁仍不见体重增加。如果误诊耽搁治疗，会影响小儿智力的发育，留下智力低下的后遗症。
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